O Sistema Nervoso Autônomo (SNA) modula a Frequência Cardíaca (FC), que pode ser estimulada e melhorada por meio da atividade física. A prática regular de exercícios aeróbicos como Ginástica Aeróbica (GA) propicia mudanças e adaptações ao sistema cardíaco capazes de resultar em melhoria da saúde e diminuição de riscos de doenças cardiovasculares como a Hipertensão Arterial Sistêmica (HAS). Nesta perspectiva, o presente estudo teve como objetivo analisar a modulação do sistema nervoso autônomo por meio da variabilidade da frequência cardíaca (VFC) em mulheres com e sem histórico familiar positivo de HAS praticantes de ginástica aeróbica. Participaram 65 mulheres com idade entre 18 e 35 anos, separados em dois grupos: filhas de normotenso (FN) e filhas de hipertensos (FH). A modulação autonômica cardíaca foi avaliada utilizando o registro do intervalo R-R (ms) pelo período de 15 minutos. Quanto aos valores encontrados, no que diz respeito ao intervalo de pulso (IP), o grupo FN apresentou aumento quando comparado à do grupo FH (p=0,045). Não foram observadas diferenças significativas em nenhuma outra variável (pressão arterial, SD, BF, AF, %BF, %AF e BF/AF). Nossos achados indicam que a prática de exercícios aeróbicos como a GA proporciona melhoria nas funções vasomotora e FC gerando boas adaptações do SNA do grupo FH, ao suscitar similaridades com o grupo FN como consequência.