A degradação dos rios e riachos tem muitos impactos sobre as comunidades bióticas e compromete a geração de diversos serviços ecossistêmicos. Dessa forma, tornam-se fundamentais instrumentos que possibilitem avaliações integradas desses ecossistemas, assim como dos impactos antrópicos presentes na bacia hidrográfica. Nesse sentido, uma alternativa promissora são os Protocolos de Avaliação Rápida (PAR) de hábitats em riachos. Sendo assim, este estudo teve como objetivo propor um PAR e demonstrar seu potencial como uma ferramenta complementar na gestão de bacias hidrográficas antropizadas. O protocolo, baseado em métodos utilizados em outros países, é composto por 11 métricas, que avaliam a qualidade de diferentes atributos do hábitat nos riachos classificando-as em quatro categorias: “péssima”, “ruim”, “regular” ou “boa”. O protocolo foi então aplicado em 30 trechos de riachos da bacia hidrográfica do Arroio Candiota, no sudoeste do estado do Rio Grande do Sul. Em relação à qualidade global do hábitat, nos riachos predominou a condição regular e mostrou-se principalmente associada a dois impactos. Um deles é a degradação da zona ripária, especialmente pela ação do gado, e o outro o assoreamento do canal pelo aporte de rejeitos da mineração de carvão a céu aberto. O protocolo proposto mostrou-se adequado para avaliar a qualidade do hábitat nos riachos e permitiu identificar os principais impactos antrópicos sobre esses ecossistemas. Além disso, ele tem grande potencial como instrumento complementar a indicadores bióticos e de qualidade da água em programas de monitoramento, avaliação e restauração de bacias hidrográficas.