As características climáticas associadas à eutrofização das águas, na região semiárida no Nordeste brasileiro, afetam reservatórios utilizados para abastecimento humano. Essas condições propiciam o desenvolvimento das Cyanobacteria nos corpos hídricos. Neste sentido, as Cyanobacteria foram utilizadas como bioindicadoras da qualidade da água em trecho do Projeto de Integração do Rio São Francisco, na região do Alto Curso do Rio Paraíba – PB, a fim de contribuir com ações voltadas à qualidade da água utilizada para abastecimento público. Foi observada nos pontos amostrais a ocorrência de Cyanobacteria, tanto em altas densidades, indicando águas com altos níveis de nutrientes, como apresentando espécies potencialmente produtoras de cianotoxinas. Esses resultados evidenciam risco à saúde pública para as populações na área de estudo, e mostram que é imprescindível o constante monitoramento da qualidade da água, o tratamento adequado da água para abastecimento público e o controle do lançamento de esgotos e efluentes nos corpos hídricos integrantes do PISF.