A Lagoa da Conceição (Santa Catarina -BR) é uma laguna costeira, com área de 20,3 km², configurada em três setores, Norte, Sul, Centro, e canal que liga o setor central à Praia da Barra da Lagoa, desde 1980. Cada setor da lagoa possui características físico-químicas, sedimentares, biológicas e hidrodinâmicas distintas, o que a torna um importante e valoroso ecossistema de Florianópolis. A grande beleza cênica e riqueza cultural a tornaram um dos cartões postais da Ilha, gerando o aumento do turismo e crescimento populacional a partir da década de 80. Essa situação, concomitante ao precário sistema de tratamento de efluentes domésticos e a baixa hidrodinâmica de algumas áreas, vem gerando impactos ambientais. O presente capítulo irá apresentar um breve histórico da Lagoa da Conceição, seu adensamento populacional, a crise sanitária e fauna bioindicadora macrobentônica até o rompimento da ETE-LEI. Devido ao rompimento, diversas modificações negativas abruptas foram observadas, como modificações físico-químicas no sistema, morte e colonização de organismos oportunistas, ecotoxicidade e proliferação de algas potencialmente produtoras de toxinas. Por fim, sugere-se que seja promovida a recuperação da área degradada e convidamos o leitor a refletir e questionar quais as consequência a curto, médio e longo prazo da entrada de um aporte de 450-550 mil metros cúbicos de efluente tratado com altos níveis de nutrientes (N:P) em um ecossistema semifechado lagunar localizado em ambiente urbano.