Estudos de evolução molecular de protistas ciliados são baseados quase exclusivamente em genes ribossomais, os quais, frequentemente, recuperam árvores filogenéticas que divergem da tradicional sistemática morfológica. Tais filogenias geralmente apresentam baixa resolução, principalmente dos nós mais profundos, falhando em recuperar as relações evolutivas entre linhagens com tempos de divergência mais antigos. O presente capítulo introduz os conflitos entre a classificação tradicional e filogenias baseadas em dados moleculares em Ciliophora e apresenta uma abordagem que foi adotada para melhorar a compreensão da história evolutiva dos grupos internos da classe Heterotrichea, utilizando sequências de cinco marcadores moleculares e dados morfológicos em análises filogenéticas combinadas. O conceito de coalescência multiespécies foi aplicado, pela primeira vez em Ciliophora, para modelar as discrepâncias entre as árvores de genes, causadas por efeitos como distribuição incompleta de linhagens ou incomplete lineage sorting. Os resultados revelaram que: (1) as árvores de genes são inconsistentes quanto a posição filogenética de algumas famílias de heterotríqueos; (2) a árvore inferida usando o modelo de coalescência multiespécies é consistente com filogenias baseadas no gene 18S-rDNA, suportando Spirostomidae como a linhagem que divergiu primeiro do ancestral comum dos atuais heterotríqueos. A concatenação dos dados morfológicos e moleculares foi eficaz na resolução dos nós internos da filogenia de Heterotrichea, apresentando hipóteses estatisticamente mais plausíveis e robustas sobre a evolução das linhagens desta classe.