Transplante cardíaco é opção terapêutica considerada no estágio avançado da cardiomiopatia chagásica. Contudo, após transplante, o diagnóstico diferencial de rejeição versus reativação chagásica tem sido considerado difícil, dificultando o tratamento correto. O motivo pelo qual alguns pacientes chagásicos apresentam reativação da doença pós-transplante é desconhecido. Estima-se que há fatores relacionados à variabilidade genética do parasito. Então, investigamos a possibilidade de utilização de PCRs direcionadas para marcadores nucleares (rDNA 24Sα) e mitocondriais (kDNA) para detecção do Trypanosoma cruzi em corações de pacientes chagásicos transplantados; assim como, a ocorrência de subpopulações de T. cruzi mais associadas à reativação da infecção, utilizando um triplo ensaio para determinação de DTUs (COII, espaçador intergênico do miniéxon, rDNA 24Sα) e análises de polimorfismos de microssatélites (TcCAA10, TcTAT20, TcAAAT6, TcGAG10, TcATT14, TcTAT15). Foram analisadas 991 biópsias endomiocárdicas (BEMs), derivadas de 98 pacientes, 14 biópsias de pele e três de sistema nervoso central (SNC). DNA de T. cruzi foi detectado em 205 BEMs (70 pacientes), oito biópsias de pele e três de SNC. Comparada às outras técnicas de diagnóstico utilizadas, PCR revelou sensibilidade superior, com boa especificidade, podendo antecipar a reativação clínica da doença de Chagas entre 1,5 e 36 meses (média 9,1 meses), contribuindo para o diagnóstico precoce. A maioria dos pacientes teve reativação por TcII. Observou-se um caso de infecção inicial por TcI com reativação por TcVI, indicando que DTUs podem variar durante os episódios de reativação. Detectou-se, em todos os casos, que a população do parasito predominante na reativação era diferente daquela detectada no transplante.